Elfaki, Imadelin:

Binding partners of parvulin proteins using the high-throughput screening methods such as yeast-two-hybrid and phage display

Duisburg, Essen (2011), XII, 81 Bl.
Dissertation / Fach: Biologie
Fakultät für Biologie
Duisburg, Essen, Univ., Diss., 2011
Abstract:
Peptidyl-Prolyl-cis/trans-Isomerasen (PPIasen) sind Enzyme, die cis/trans-Isomerisierung von Peptidyl-Prolyl-Bindungen (Xaa-Pro-Bindungen) katalysieren. Parvulin 14 (Par14) und seine Isoform Par17 gehören zu der Familie der Parvuline, einer Untergruppe der PPIasen. Für Par14 wurde gezeigt, dass es an DNA bindet. In einer anderen Studie wurde gezeigt, dass Par14 Teil des preribosomalen Ribonukleoprotein-Komplexes ist und ein RNA-Prozessierungsfaktor sei, welcher in der Ribosomenbiogenese involviert ist. Par17 kommt nur in Hominidae vor und ist in den Mitochondrien lokalisiert. Um Bindungspartner für Par14/17 (Peptide oder Proteine) zu finden, wurden Hochdurchsatz-Screening-Verfahren, das Yeast-two-Hybrid-System (Y2H) und das Phagen-Display (Ph.D.) verwendet. In der Y2H-Studie wurde ein target-unrelated-protein (TUP) gefunden. Im Ph.D. Screening gegen PinA von Cenarchaeum symbiosum wurde ein Peptid gefunden, das PinA mit niedriger Affinität bindet. Mithilfe des Peptids konnte ein vermutliches aktives Zentrum der PPIase PinA zugeordnet werden. Ebenfalls wurden eine 7 und 12-mer Peptidbibliothek gegen Par17 entwickelt. Die Konsensus-Sequenz XHSXVHØ wurde aus beiden Bibliotheken angereichert, wobei X eine beliebige Aminosäure und Ø eine hydrophobe Aminosäure darstellt. Die Bindung dieses Motivs an Par14/17 wurde über Phagen-ELISA und NMR-Spektroskopie untersucht, wobei gezeigt werden konnte, dass dieses Motiv an die Par14/17 PPIase Domäne bindet. Mithilfe dieser Peptide wurde das putative aktive Zentrum von Par14/17 in den NMR-Strukturen zugeordnet. Desweiteren können besagte Peptide zukünftig dazu verwendet werden, potentielle Bindungspartner von Par14/17 zu finden.